5.對公共配套設(shè)施費的處理，二者有區(qū)別。企業(yè)所得稅中，該項費用是指開發(fā)項目內(nèi)發(fā)生的、獨立的、非營利性的，且產(chǎn)權(quán)屬于全體業(yè)主的，或無償贈與地方政府、政府公用事業(yè)單位的公共配套設(shè)施支出。在土地增值稅中，還包括不能有償轉(zhuǎn)讓的開發(fā)小區(qū)內(nèi)公共配套設(shè)施發(fā)生的支出。二者的區(qū)別是，企業(yè)所得稅對此有限制條件，即必須是“獨立的、非營利性的，且產(chǎn)權(quán)屬于全體業(yè)主的，或無償贈與”的公共配套設(shè)施費，而對于“營利性的，或產(chǎn)權(quán)歸企業(yè)所有的，或未明確產(chǎn)權(quán)歸屬的，或無償贈與地方政府、公用事業(yè)單位以外其他單位的”，則應(yīng)單獨核算其成本。除企業(yè)自用應(yīng)按固定資產(chǎn)進(jìn)行處理外，其余一律按開發(fā)產(chǎn)品進(jìn)行處理。

　　土地增值稅對上述規(guī)定作了補充，國家稅務(wù)總局《關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（ 國 稅 發(fā) [ 2 0 0 6 ] 1 8 7 號 ）規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開發(fā)建造的與清算項目配套的公共設(shè)施，按以下原則處理：建成后產(chǎn)權(quán)屬于全體業(yè)主所有的，其成本、費用可以扣除；建成后無償移交給政府、公用事業(yè)單位用于非營利性社會公共事業(yè)的，其成本、費用可以扣除；建成后有償轉(zhuǎn)讓的，應(yīng)計算收入，并準(zhǔn)予扣除成本、費用。

　　6.對開發(fā)間接費的處理，二者有區(qū)別。企業(yè)所得稅中，該項費用是指企業(yè)為直接組織和管理開發(fā)項目所發(fā)生的，且不能將其歸屬于特定成本對象的成本費用性支出，主要包括管理人員工資、職工福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護(hù)費、工程管理費、周轉(zhuǎn)房攤銷以及項目營銷設(shè)施建造費等。和土地增值稅中的開發(fā)間接費用相比，前者比后者多了工程管理費和營銷設(shè)施建造費。稅法規(guī)定，工程管理費符合土地增值稅間接費用范圍，可以作為扣除項目。而營銷設(shè)施建造費能否作為扣除項目，需要稅務(wù)機關(guān)進(jìn)一步明確。

　　7.預(yù)提費用和利息費用的處理，二者有區(qū)別。 國 稅 發(fā) [ 2 0 0 9 ] 3 1 號 文件第三十二條規(guī)定，出包工程未最終辦理結(jié)算而未取得全額發(fā)票的，在證明資料充分的前提下，其發(fā)票不足金額可以預(yù)提，但最高不得超過合同總金額的10%.公共配套設(shè)施尚未建造或尚未完工的，可按預(yù)算造價合理預(yù)提建造費用。應(yīng)向政府上交但尚未上交的報批報建費用、物業(yè)完善費用可以按規(guī)定預(yù)提。第二十一條規(guī)定，企業(yè)為建造開發(fā)產(chǎn)品借入資金而發(fā)生的符合稅收規(guī)定的借款費用，可按企業(yè)會計準(zhǔn)則的規(guī)定進(jìn)行歸集和分配，其中屬于財務(wù)費用性質(zhì)的借款費用，可直接在稅前扣除。

　　在土地增值稅清算中，稅法規(guī)定預(yù)提費用不得稅前扣除，利息費用要單獨計算扣除，不能重復(fù)計入開發(fā)成本中。 國 稅 發(fā) [ 2 0 0 6 ] 1 8 7 號 文件規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)的預(yù)提費用，除另有規(guī)定外，不得扣除。國家稅務(wù)總局《關(guān)于印發(fā)<土地增值稅清算管理規(guī)程>的通知》（ 國 稅 發(fā) [ 2 0 0 9 ] 9 1 號 ）第二十七條要求，在審核利息支出時應(yīng)重點關(guān)注納稅人是否將利息支出從房地產(chǎn)開發(fā)成本調(diào)整至開發(fā)費用。