三、若乙公司獲取的是部分貨幣資金和部分房產(chǎn)，如例中所述，乙公司得到1200萬元現(xiàn)金及4000平方米商鋪，根據(jù)財(cái)稅字[1995]48號(hào)文件的規(guī)定，其分得的商鋪暫免征收土地增值稅，但其分得的現(xiàn)金應(yīng)征收土地增值稅。在現(xiàn)行規(guī)定下，乙公司應(yīng)進(jìn)行如下處理：

（一）對(duì)于乙公司取得的現(xiàn)金部分，應(yīng)按照配比原則，與取得土地使用權(quán)的成本配比計(jì)算土地增值稅。如乙公司獲取的房產(chǎn)公允價(jià)值為2000萬元，而該地塊土地使用權(quán)成本為1600萬元，在不考慮其他稅費(fèi)的情況下，則允許扣除的土地使用權(quán)成本＝1600÷（2000＋1200）×1200＝600（萬元），增值額＝1200－600＝600（萬元），應(yīng)納土地增值稅額＝600×40%－600×5%＝210（萬元）。

（二）對(duì)于分得的房產(chǎn)部分，處理方式為分房自用，暫不征收土地增值稅，待其對(duì)外銷售后再分別按轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)和銷售舊房繳納土地增值稅。

對(duì)于甲公司，應(yīng)將分給乙公司的現(xiàn)金加上房產(chǎn)的公允價(jià)值作為取得土地使用權(quán)的成本計(jì)入扣除項(xiàng)目，同時(shí)將房產(chǎn)的公允價(jià)值作為銷售收入計(jì)算應(yīng)繳納土地增值稅。

對(duì)于合作建房行為，應(yīng)界定為非貨幣資產(chǎn)交換還是投資行為是進(jìn)行土地增值稅清算處理的前提。若為非貨幣資產(chǎn)交換，則出地方按轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)給出資方處理；若為投資行為，則應(yīng)將出資方支付的股權(quán)價(jià)值和貨幣資金之和在該項(xiàng)目的開發(fā)成本中扣除。出資方支付給出地方的現(xiàn)金視為投資對(duì)價(jià)差異，為土地使用權(quán)的公允價(jià)值大于雙方確定的股權(quán)價(jià)值的差額。界定基礎(chǔ)應(yīng)看合作建房的協(xié)議，若出地方承擔(dān)項(xiàng)目開發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)并享有開發(fā)利潤，應(yīng)視為投資行為；若只是獲得固定面積的房產(chǎn)，不承擔(dān)風(fēng)險(xiǎn)收益的，則應(yīng)界定為非貨幣資產(chǎn)交換。

從上述分析可以看出，對(duì)于合作建房進(jìn)行商品房開發(fā)項(xiàng)目來說，土地增值稅清算涉及出地、出資雙方，計(jì)算過程復(fù)雜，容易產(chǎn)生稅企爭議，對(duì)出地方清算的后續(xù)管理存在困難，如出地方再轉(zhuǎn)讓分得房產(chǎn)時(shí)，很容易忽視對(duì)其轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的清算，造成國家稅款流失。同時(shí)，很多房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)利用關(guān)聯(lián)方合作建房來逃避或延遲土地增值稅納稅義務(wù)，給該稅種的征管帶來困難。