主管稅務(wù)機(jī)關(guān)則認(rèn)為：A公司的說法“偷梁換柱”，存在兩大問題。

　　第一，A公司混淆了收入與所得的概念。不論是A公司還是C公司，都是就所得額繳納企業(yè)所得稅，而不是根據(jù)收入額來繳納企業(yè)所得稅。巧合的是，A公司和C公司都是企業(yè)所得稅核定征收企業(yè)，無法準(zhǔn)確計(jì)算應(yīng)納稅所得額，都是根據(jù)應(yīng)稅收入乘以應(yīng)稅所得率來計(jì)算應(yīng)納稅所得額，再進(jìn)一步計(jì)算應(yīng)納稅額。因此，A公司簡單地用A公司和C公司的應(yīng)稅收入之和與B公司支付的工程款進(jìn)行比較是不合適的。舉個(gè)簡單的例子，假設(shè)D公司捐贈了100萬元給E公司，E公司又將這100萬元捐贈給了F公司，那么，根據(jù)《企業(yè)所得稅法》，E公司必須將接受的這100萬元捐贈收入計(jì)入應(yīng)稅收入，同時(shí)F公司也必須將接受的這100萬元捐贈收入計(jì)入應(yīng)稅收入，但事實(shí)上D公司只捐贈了100萬元。無獨(dú)有偶，道理相似，所以，A公司的推論是站不住腳的。

　　第二，A公司混淆了所得稅和流轉(zhuǎn)稅的概念。所得稅是以所得額為課稅對象課征的，而流轉(zhuǎn)稅是以流轉(zhuǎn)額為課征對象課征的?？梢姡瑑H從課征對象來看，企業(yè)所得稅和營業(yè)稅就是完全不同的稅種，因此，A公司簡單地將企業(yè)所得稅和營業(yè)稅的計(jì)稅依據(jù)進(jìn)行比較是不合適的。目前，我國規(guī)定建筑業(yè)的應(yīng)稅勞務(wù)應(yīng)繳納營業(yè)稅，但考慮到營業(yè)稅不能抵扣，結(jié)合實(shí)際情況，為了減輕建筑業(yè)納稅人的負(fù)擔(dān)，特地允許建筑業(yè)企業(yè)在發(fā)生總分包業(yè)務(wù)時(shí)可以自營收入作為計(jì)稅依據(jù)計(jì)算營業(yè)稅。但《企業(yè)所得稅法》并未規(guī)定建筑業(yè)可以差額計(jì)算計(jì)稅收入。所以，A公司作為企業(yè)所得稅核定征收企業(yè)，應(yīng)當(dāng)將其向B公司全額開具的發(fā)票金額或取得的全部工程款金額（不論是自營部分還是分包部分）確認(rèn)為收入，并作為企業(yè)所得稅的計(jì)稅依據(jù)申報(bào)繳納企業(yè)所得稅。因此，A公司需要就自行扣除的分包工程款補(bǔ)繳企業(yè)所得稅4萬元。

　　三、法理分析

　?。ㄒ唬┓职こ炭钍欠駷榭偝邪降臅?jì)收入

　　《中華人民共和國建筑法》第二十九條規(guī)定：建筑工程總承包單位可以將承包工程中的部分工程發(fā)包給具有相應(yīng)資質(zhì)條件的分包單位，但是，除總承包合同中約定的分包外，必須經(jīng)建設(shè)單位認(rèn)可。施工總承包的，建筑工程主體結(jié)構(gòu)的施工必須由總承包單位自行完成。建筑工程總承包單位按照總承包合同的約定對建設(shè)單位負(fù)責(zé)；分包單位按照分包合同的約定對總承包單位負(fù)責(zé)?？偝邪鼏挝缓头职鼏挝痪头职こ虒ㄔO(shè)單位承擔(dān)連帶責(zé)任。第五十五條規(guī)定：建筑工程實(shí)行總承包的，工程質(zhì)量由工程總承包單位負(fù)責(zé)，總承包單位將建筑工程分包給其他單位的，應(yīng)當(dāng)對分包工程的質(zhì)量與分包單位承擔(dān)連帶責(zé)任。分包單位應(yīng)當(dāng)接受總承包單位的質(zhì)量管理。