一是由于對增值稅和所得稅審計程序的設(shè)計依據(jù)的是1996年前的稅法和財務(wù)會計制度，經(jīng)過多年的演變，早已時過境遷，該指南在審計增值稅和所得稅會計方面已失去了應(yīng)有的針對性、實用性和指導(dǎo)性；

      二是由于規(guī)定過于簡單，造成包括對增值稅和所得稅在內(nèi)的所有稅種的審計程序均不規(guī)范明確；

      三是使注冊會計師對企業(yè)納稅問題的審計無規(guī)可依；

      四是在執(zhí)業(yè)規(guī)范指南中作出的規(guī)定屬于建議性或指導(dǎo)性的要求，其層次不高、約束力不強，不足以引起注冊會計師的重視。

      （4）由于大多數(shù)企業(yè)在納稅調(diào)整的處理基本上無賬可尋，有的甚至沒有調(diào)整的明細記錄，使企業(yè)提供完整會計資料和記錄的審計前提受到嚴重影響，如果注冊會計師接受委托，又不對這方面的影響發(fā)表意見，不僅可以理解為注冊會計師對企業(yè)不履行會計責任的認可，而且可以理解為會計資料不完整不影響注冊會計師的審計，對這兩個誤解審計準則目前還無法圓滿解釋。

稅法規(guī)定和執(zhí)行上的弊端

      我國稅法的剛性不足，常有一些需要解釋和補充的方面，人們在具體執(zhí)行中對一些問題的認識也是見仁見智，這取決于執(zhí)行人的業(yè)務(wù)水平高低、對問題的理解和寬嚴程度，這些情況往往造成對一些具體問題的執(zhí)行結(jié)果因人而異，正如稅務(wù)部門中流傳的“10個人查所得稅可能是10種結(jié)果”一說。由此可見，注冊會計師對納稅調(diào)整的審計不能被稅務(wù)機關(guān)認可，以及注冊會計師有時在審計納稅問題上的無所適從也就不足為奇了。